Sala nawigacji posiada zbiór sprzętu nawigacyjnego z okrętów polskich, radzieckich i byłego NRD. Jest to prywatny zbiór jednego z mieszkańców Świnoujścia przekazany na rzecz Fortu Anioła. W kolekcji znajdują się eksponaty z lat 1960 – 1990. Można tu obejrzeć barografy – przyrządy do pomiaru i rejestracji ciśnienia atmosferycznego, kompasy magnetyczne, zegary okrętowe, sekstanty nawigacyjne służące do wyznaczania pozycji statku w/g pomiaru słońca i gwiazd, wiatromierze, kule żyrokompasów, pojemniki na mapy i wiele innych sprzętów okrętowych. W sali tej znajduje się także zbiór banderek z czapek marynarskich, z okrętów różnych państw nadbałtyckich.